1、建立健全农村集体经济组织在乡“三资”委托代理服务中心档案的立卷、归档、保管、调阅和销毁等管理制度，做到科学管理、妥善保管、存放有序、查找方便。
2、乡“三资”委托代理服务中心主管会计兼任档案管理员，按归档要求负责收集、整理立卷或装订成册。
3、档案分会计档案及相关文书档案，会计档案包括会计凭证、会计账簿、会计报表、磁盘、光盘及打印输出报表、公开榜等；文书档案包括年度财务计划书、村民代表会、两委会决议、经济合同等相关财务资料。乡“三资”委托代理服务中心和村集体每年形成的档案都应整理立卷或装订成册，分年度进行归档保管。
4、要建立统一的存档登记薄和调阅、查阅登记薄、档案目录登记薄。
5、乡“三资”委托代理服务中心人员必须按期将应归档的档案移交档案管理员，档案管理员应按期收集、整理归档。严格执行安全和保密制度，档案不得随意堆放，严防损毁、消失和泄密。会计电算化档案保管要注意防盗、防磁等安全措施。非档案管理员不得留存档案资料。
6、存档资料必须由乡“三资”委托代理服务中心主任和主管会计审核签章后方可存档保管。
7、建立统一的目录号。单位目录号内容为：记账凭证；银行存款、现金日记帐及其他明细帐；总账；月、季、年度报表；其他。
8、档案原则上不得借出，有特殊需要须经乡“三资”委托代理服务中心主任批准。借阅档案时，借阅者应持单位介绍信，经中心主任批准后方可办理借阅手续，借阅人应如实填写借阅登记薄。借出的档案，档案管理员要按期如数收回，并办理收回手续。
9、档案的保管期限执行会计档案保管设定的期限。保管期内如有伪造，非法涂改变更，故意损坏行为，要追究档案管理员的责任。
10、档案移交、销毁时要编制清册，报乡“三资”委托代理服务中心签定和审查后派人员进行监销，监销人应在销毁清册上签名盖章，销毁清册永久保存。
11、严格遵守各项财务保密制度，遵守财务管理规定，做到严守机密，确保安全，牢固树立对党、对国家、对人民高度负责的责任感。
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